Uurimiskomisjoni ülesanne oli sõjatehnika veoga Eestist või Eesti kaudu Rootsi Kuningriiki seonduvate “faktiliste ja õiguslike asjaolude objektiivne ja erapooletu analüüs”. Komisjon pidi välja selgitama “Eesti Vabariigi ametnikud ja ametkonnad, kes olid informeeritud või osutasid eraviisilist või ametkondlikku kaasabi sõjatehnika veole Rootsi Kuningriiki”. Komisjoni ülesanne oli ka “toimunule hinnangu andmine ning saadud faktide ja tõendite alusel Vabariigi Valitsusele ettepanekute tegemine”.
Riigikogu täiskogu toetas uurimiskomisjoni moodustamist ning otsuse eelnõu võeti Riigikogu otsusena vastu Riigikogu täiskogu 2005. aasta 19. mai istungil. Otsusest tulenevalt on 1994. aastal Eesti Vabariigi territooriumilt parvlaevaga Estonia sõjatehnika väljaveo asjaolude väljaselgitamiseks moodustatud Riigikogu uurimiskomisjoni ülesanded:
1) sõjatehnika veoga Eestist või Eesti kaudu Rootsi Kuningriiki seonduvate faktiliste ja õiguslike asjaolude objektiivne ja erapooletu analüüs ja väljaselgitamine;
2) Eesti Vabariigi ametnike ja ametkondade väljaselgitamine, kes olid informeeritud või osutasid eraviisilist või ametkondlikku kaasabi sõjatehnika veole Rootsi Kuningriiki;
3) toimunule hinnangu andmine ning ettepanekute tegemine Vabariigi Valitsusele saadud faktide ja tõendite alusel;
4) töö käigus faktiliste asjaolude tuvastamise ja järelduste tulemusena tekkinud ettepanekute tegemine tsiviillaevandusega kaasnevate julgeolekuliste ohtude ennetamiseks.
Riigikogu uurimiskomisjon moodustati järgmises koosseisus: Eestimaa Rahvaliidu fraktsiooni liige Margus Leivo (asendusliige Rein Randver), Eesti Keskerakonna fraktsiooni liige Evelyn Sepp (asendusliige Ain Seppik), Sotsiaaldemokraatliku Erakonna fraktsiooni liige Jarno Laur (asendusliige Jüri Tamm), Ühenduse Vabariigi Eest – Res Publica fraktsiooni liige Ken-Marti Vaher (asendusliige Urmas Reinsalu), Reformierakonna fraktsiooni liige Ülle Rajasalu ja Isamaaliidu fraktsiooni liige Trivimi Velliste.
